8月31日，复星医药开盘大跌，最低价报28.22元，较昨日收盘价跌幅10%。复星医药控股子公司重庆医药工业研究院(重庆医工院)被举报一事遭到媒体广泛关注。复星医药昨日晚间发布公告称，重庆食药监局已就该信件所反映的内容开展相关调查，飞行检查的结果尚待结论性意见。8月31日早7点重庆食药监局官网更新举报信称，正在对重庆医工院展开深入调查。
8月31日上午，新京报记者致电复星医药，公司回应记者称，“我们内部看是没有任何问题的，可能近期根据监管机构的反馈看是否做最新的公告”。记者致电重庆市食药监局，相关工作人员回应记者称，已经组织工作组对重庆医工院进行调查，“调查的情况我们会及时公开”。
8月30日晚间，复星医药发布公告对举报信内容做出回应称，重庆食药监局已就举报信件所反映的内容开展相关调查，并已于2018年8月23日对重庆医工院进行了飞行检查，飞行检查的结果尚待结论性意见。
8月24日，重庆市食品药品监督管理局的官网上公布一则公开信，其中举报人直言重庆医工院存在“几乎所有生产工艺都没有根据批准的工艺生产”、“领导带领员工大量编造生产记录、检验记录”、“欺骗上级药品监督管理部门，骗取药品GMP证书”等行为。
复星医药持有重庆医工院56.89%的股权。新京报昨日报道，重庆医工院在2017年3月收到FDA针对2016年5月16日至19日对重庆医工院南岸区涂山路工厂QC实验室原料药检查中所发现的实验室数据规范性不足出具的警告信。事情过去1年半以后，重庆医工院的警告仍未能解除。
对于此前遭FDA进行警告，8月31日复星医药回应记者称“这已经是过去的事情，我们已经处理完了”。
8月30日晚间，复兴医药称，针对当时的整改要求，公司已对重庆医工院时任主要领导及相关责任人员进行了严肃处理调整，并在积极推进相关整改工作，力争尽快通过FDA现场检查。
复星医药披露，2017年11月，FDA再次针对医工院制药(长寿区新场地)的质量体系进行批准前检查。检查后对于原料药阿立哌唑提出一条483缺陷，该缺陷主要针对阿立哌唑检测时所产生的无效OOS(偏差调查)不充分。目前，医工院制药已经在FDA的规范指引下展开整改。